Megawati dilahirkan pada 23 Januari 1947 di Jakarta, merupakan anak kepada Presiden Indonesia pertama, Sukarno. Ibunya, Fatmawati, merupakan salah seorang daripada sembilan isteri Sukarno. Megawati hidup dalam suasana kemewahan di Istana Merdeka.[2]

Beliau menuntut di Universiti Padjadjaran di Bandung dalam bidang pertanian tetapi meninggalkannya pada 1967 untuk berada di sisi bapanya yang jatuh daripada kuasa.[3] Beliau berusia 19 tahun apabila Sukarno disingkir oleh rejim tentera yang diketuai oleh Suharto. Keselamatan keluarga Sukarno tidak diancam selagi mereka tidak mengambil bahagian dalam politik. Pada tahun 1970 (tahun di mana ayahnya meninggal dunia), Megawati telah memasuki Universiti Indonesia untuk menjalani kursus psikologi tetapi tercicir dua tahun kemudian. Pemerhatinya akur bahawa Megawati tidak begitu terserlah dalam bidang akademik dan mempunyai sedikit pengetahuan mengenai dunia di luar Indonesia. Walaupun beliau merupakan seorang Muslim yang warak, beliau juga berpegang teguh kepada adat dan tradisi Jawa dan percaya dengan ilmu penujuman.

Suami Megawati yang pertama, Leftenan Pertama Surindo Supjarso, terbunuh apabila pesawatnya terhempas di Irian Jaya pada 1970. Dua tahun kemudian, beliau berumahtangga dengan Hassan Gamal Ahmad Hasan, seorang diplomat daripada Mesir. Namun, perkahwinan tersebut tidak berkekalan. Pada tahun 1973, Megawati berumahtangga dengan Taufiq Kiemas. Mereka dikurniakan dengan tiga orang anak: M. Rizki Pramata, M. Pranada Prabowo dan Puan Maharani, kesemuanya kini dalam lingkungan umur 30an.

Nama

Sukarnoputri (bermaksud 'anak perempuan Sukarno') ialah nama bapa, bukan nama keluarga; Orang Jawa sering tidak mempunyai nama keluarga. Beliau sering disebut sebagai Megawati atau Mega, yang berasal dari bahasa Sanskrit yang bermaksud 'dewi awan'. Dalam ucapannya kepada pelajar-pelajar Sekolah Rendah Sri Sathya Sai, beliau menyebut bahawa Biju Patnaik, bekas ketua menteri dari Odisha, India, menamakannya atas permintaan Sukarno.[4][5]